Subaru data reduction (SuprimeCam)

準備

春の学校ではデータセンターの利用者アカウントは subaru**
(subaru01 から subaru12 まで) の番号が振られます。

このアカウントはおよそ５月末まで有効で、
その後削除されます。

大部分はSDFRED v1.3 マニュアルに従えば良いのですが、
以下は、まずそこに辿り着くまでの作業についてです。

0)当日までの準備としては、最後に書いてある「データの持ち帰り」について
  考えて準備しておくこと、別途連絡する smoka のアカウントを準備しておくこと、
  以外は、計算機関連で特に準備は必要ありません。
  講習会のアカウントとパスワードは当日連絡します。


1) ws** のどれかの端末の前に座って下さい。例えば ws01 としましょう。
   subaru** の番号と ws** の番号は一致する必要はないです。
   例えば自分が subaru12 で ws01 の前に座ったとしましょう。
2) subaru12 としてログインします。
   これで今端末は ws01 の端末で、ディレクトリは subaru12 のホームです。
3) XWindow を起動します。
   $ startx
   とコマンドを打って下さい。
   最初の $ は打たなくて良いです。
   なんか真っ赤な画面が立ち上がります。
4) 右クリックでターミナル(端末)を開きます。
   これも ws01 の端末です。
5) そこから、実際に解析を行なうサーバにログインします。
   $ ssh ana03 等行なって下さい。
   この ana の後の番号は当日指示しますが、ここでは ana03 とします。
   パスワードが聞かれますので入力して下さい。
   この時点で、この端末は ana03 の端末になってます。
6) 作業用ディレクトリを ana03 に作成します。
   ana03 には /wa03a, /wa03b という作業領域があります。
   今回はこの /wa03a に subaru12 というディレクトリを作ることにしましょう。
   まず /wa03a に移動します。
   $ cd /wa03a
   $ mkdir subaru12
   これで /wa03a の下に subaru12 というディレクトリができます。
7) /wa03a/subaru12 に移動しましょう。
   $ cd /wa03a/subaru12
8) 自分がどのサーバにいるか念のため確認しましょう
   $ uname
   自分がどのディレクトリにいるかも念のため確認しましょう
   $ pwd
   この /wa03a/subaru12 を「作業ディレクトリ」と呼ぶことにします。
   ＃/wa** と /subaru** の番号は、それぞれ人によって違います。
     ここは当日指示します。要注意。

9) which コマンドで IRAF(cl) と SExtractor の場所を確認します。
   $ which cl
   /usr/local/bin/cl
   $ which sex
   /usr/local/bin/sex

   Suprime-Cam の標準解析ソフトウェア sdfred の実行には
   この２つのコマンドが必要です。

10) ソフトウェア、sdfred をダウンロードします。
    http://optik2.mtk.nao.ac.jp/subaru_red/SPCAM/ にある
    sdfred ソフトウェア v1.3.5 (20080424)
    を自分の環境にウェブブラウザを使ってダウンロードします。
    ウェブブラウザとしては firefox (というソフトウェア)がインストール済です。

    $ firefox 

    で起動します。http://optik2.mtk.nao.ac.jp/subaru_red/SPCAM/ を開き、
    ソフトウェアへのリンクをクリックすると、どこにダウンロードするか
    聞いてきます。置き場所は作業ディレクトリ（/wa03a/subaru12）が良いです。

11) ダウンロードしたパッケージを展開します。
    これは端末からの作業です。
     $ cd /wa03a/subaru12
     $ tar xvzf sdfred20080424.tar.gz

    これ以降は sdfred マニュアルを参照しましょう。
    マニュアルは WWW ブラウザで上記ページの
    sdfred 日本語マニュアル v1.3 (SDFRED_manual_ver1.3.html)
    を見て下さい。


でも一応書いておく。

1） ソフトウェアを構築します。
    まず展開したディレクトリに移動します。
    $ cd sdfred20080424/
    構成準備のコマンド、configure を実行します。
    $ ./configure
    ソフトウェア構築のコマンドを実行します。
    $ make all
    この make の中でコンパイルなどが実行されます。

2） PATH 環境変数を設定し
    （作業ディレクトリ e.g. /wa03a/subaru12）/sdfred20080421/bin/ 
    が PATH の先頭に含まれるようにします。

    このためにホームディレクトリにある .bashrc と
    .bash_profile を編集します。

    $ emacs ~/.bashrc
    $ emacs ~/.bash_profile

    それぞれのファイルの最後に
    PATH=/wa03a/subaru12/sdfred20080421/bin/:$(PATH)
    を追加して下さい。
    ＃当然ディレクトリ名や番号は人それぞれです。
    その後、別のターミナルを開きましょう。

3)  確認。新しく開いたターミナルで、
     以下のコマンドで imcio2a が 
     /wa03a/subaru12/sdfred20080421/bin/ 
     にあることを確認します。
     $ which imcio2a
    別の場所に発見されたらやりなおし。

4）実習用データを smoka から ダウンロードします。
    まずデータを格納するためのディレクトリを作成します。
    $ cd /wa03a/subaru12
    $ mkdir data
    $ cd data
    これで /wa03a/subaru12/data にいます。

    $ cd （作業ディレクトリ e.g. /wa03a/subaru12）

    次は smoka 実習での課題になります。
    SUPA00019512*.fits
    SUPA00020461*.fits
    SUPA0002075[0456]*.fits
    を拾います。

5）データをみてみましょう。
   $ cd data/
   $ ds9 SUPA00195120.fits

6）このまま spcam_training_data の下で作業してもいいのですが、
    別ディレクトリで作業することにします。
    $ mkdir （作業ディレクトリ e.g. /wa03a/subaru12）/work
    と、work というディレクトリを作成して下さい。
    そして、ここにこの元データへのシンボリックリンク（参照）を張ります。
    また、ブランク情報を展開します。
    $ cd work
    $ ln -s ../spcam_training_data/SUPA*.fits .
    $ cp ../spcam_training_data/blankmap* .
    最後の . を忘れないように！！

    以下「解析ディレクトリ」は （作業ディレクトリ e.g. /wa03a/subaru12）/work
    です。この後、解析は全てここで行ないます。

7）解析ディレクトリで IRAF の準備をしておきましょう。
    $ cd （作業ディレクトリ e.g. /wa03a/subaru12）/work/
    $ mkiraf
   尋ねられるので xgterm と入力して下さい。
   一回間違えたら、やりなおすと uparm を update しますか
   とか聞いてくるんですが、ここは y で良いです。


講習会が終わって

*) データ等の持って帰り方
現状では持ち帰る良い方法がありません。
元データは量が多いのでともかく、
自分で書いたコードやメモは持って帰れないと困るだろうと思います。

一番楽なのは USB の持ち運び用のメモリか
USB 接続のハードディスクを持ってきていただくことです。
多少面倒ですが、Linux に接続可能なフォーマットがベストです。
Windows に接続可能なフォーマットでも多少面倒ですが持ち出し可能です。
Mac への対応は現在考えてません。

あるいはノートＰＣを持ち込んでいただき、そこにコピーすることも可能です。
この場合ネットワークに接続できることが必要です。

その次の可能性は CD か DVD に焼いていただくことです。
ただし、これはフォーマットの問題が出る可能性があります。

これらいずれも難しい場合は、http 経由で持ち出せるように
検討したいと思います。
ちょっとここまではまだ準備が整っていません。